Święta Siostra Faustyna Kowalska zmarła w klasztorze Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia 5 października 1938 roku. Dwa dni później jej ciało złożono w grobowcu Zgromadzenia na cmentarzu zakonnym w głębi ogrodu. W czasie procesu diecezjalnego o jej życiu i cnotach, 25 listopada 1966 roku, jej doczesne szczątki przeniesiono do klasztornej kaplicy i złożono pod posadzką po prawej stronie, przykrywając czarną marmurową płytą, która obecnie znajduje się pod mensą ołtarza z łaskami słynącym obrazem Jezusa Miłosiernego.

Tuż przed beatyfikacją doczesne szczątki Siostry Faustyny przełożono do nowej trumienki z drzewa sandałowego (dar kard. Franciszka Macharskiego) i umieszczono na ołtarzu pod łaskami słynącym obrazem Jezusa Miłosiernego. W dniu beatyfikacji Siostry Faustyny – 18 kwietnia 1993 roku – odsłonięto ów relikwiarz-trumienkę wkomponowaną w architekturę ołtarza (projekt Stefana Dousy). Po renowacji kaplicy w 2016 roku trumienkę złożono pod mensą ołtarza.

W 1994 roku przed ołtarzem ustawiono marmurowy klęcznik z cząstką relikwii za szkłem, aby pielgrzymom ułatwić kontakt z Apostołką Bożego Miłosierdzia. W roku 2008 wewnętrzną drewnianą trumienkę-relikwiarz z doczesnymi szczątkami św. Faustyny włożono w nową trumienkę z białego marmuru, który wyraźnie odbija od ciemno-brązowego ołtarza. Także czarny marmurowy klęcznik zamieniono na klęcznik z białego z marmuru, przy którym do Jezusa Miłosiernego modlą się pielgrzymi z całego świata, prosząc o wstawiennictwo Jego Apostołkę.

Maleńkie cząstki relikwii, udostępniane są w specjalnych kapsułach i relikwiarzach do kultu publicznego poza Sanktuarium w Krakowie-Łagiewnikach. Obecnie znajdują się one w kościołach, sanktuariach, kaplicach w ponad 120 krajach świata, na wszystkich kontynentach.